Desde el anuncio del ingreso de Nicolás Alvarado a TV UNAM se recibieron muchas críticas por parte de la comunidad universitaria que de inmediato levantó una petición en la plataforma Change.org para pedir su salida argumentando su nula relación con la Universidad Nacional Autónoma de México y su falta de visión para encabezar un proyecto público ya que sus credenciales más fuertes estaban relacionadas con la empresa Televisa, lo que ponía en peligro el concepto cultural del canal.
En enero de 2016 el rector de la UNAM, Enrique Luis Graue designó a Nicolás Alvarado como director de TVUNAM sin ofrecer ninguna razón válida para justificar su decisión. Esto ha causado el descontento entre gran parte de la comunidad estudiantil y de profesores de comunicación de la casa de estudios. Ya que el nuevo director no tiene ningún vínculo con la universidad, ni con la televisión pública, pedimos que el Rector de la UNAM que retire a Nicolás Alvarado como director de TVUNAM.
Soy televidente de TVUNAM desde siempre. Disfruto de su programación plural y variada, alejada de cualquier interés comercial. Considero que cada vez quedan menos espacios en la televisión pública al alcance de todos. Nicolás Alvarado viene del medio cultural comercial, y para ser más específicos de Televisa. Poco o nada sabe acerca de lo que significa llevar una televisión pública sin ánimo comercial. Se corre el riesgo de que la televisión de la universidad se enfoque más hacia un perfil privado y comercial.
La petición por un momento perdió la atención de las personas y medios hasta que la columna Fuera de Registro, publicada por Nicolás Alvarado en Milenio donde critica o expone su disgusto por el trabajo de Juan Gabriel, artista apenas fallecido el 28 de agosto, fue lo que de nuevo catapultó la iniciativa de renuncia.
Más allá de las 53 mil firmas recabadas en Change.org, y de los textos expuestos en su texto, Nicolás Alvarado fue la lluvia de críticas sobre su intolerancia, clasismo y desconocimiento al valor de la cultura popular lo que parece haber obligado a su renuncia. Si bien el comunicado publicado en la gaceta de la UNAM no menciona para nada el escándalo que desató la columna cierra con una frase que da luz sobre los motivos; «La Universidad Nacional refrenda su compromiso con el esfuerzo de los miembros de su comunidad, así como con valores universitarios como la tolerancia y el respeto a la pluralidad y a la diversidad».